如果注意观察的话，早在两岁时，部分小孩就会表现出性别焦虑症。如果强迫有性别焦虑症的小孩打扮成出生性别，他们可能会剧烈反抗，拒绝上学，也不跟小伙伴玩。到了青春期，第二性征开始发育时，有些孩子会希望把这些性征藏起来，有的男孩刮腿毛，有的女孩硬束胸。到了成年时，有些人甚至会厌恶自己的生殖器官，不愿被伴侣看到或碰触。
遗憾的是，目前对干预手段的研究结果不多，用APA的话说，“缺乏足够长时间的追踪研究”因此难以判断。而家长目前最好的办法，可能是先对小孩采取“观察式等待”。据统计，男孩小时候如有性别焦虑症，持续到成年的几率大概在2.2-30%。女孩小时候如有性别焦虑症，持续到成年的几率大概是12-50%。可见，大部分性别焦虑症其实会随着成长消失。只要倾听他们曾经遭遇的委屈和无措，为他们提供一个友善的环境。等成年之后，跨性别者通常能更好地让自己和外界和平共处，比如易装改名，结交同样心理性别的朋友，于是更少抑郁，也更少焦虑。
如果性别焦虑症一直难以缓解，可以先选择激素疗法，帮助抑制那些“不想要”的第二性征，加强一些“想要”的第二性征。据2011年美国在400个变性者身上的研究，那些接受激素疗法的变性者，抑郁、焦虑、压力都更少，生活质量则更高。
如果激素疗法还不足够，接受完整专业的身心评估后，评估结论是变性手术会改善心理健康情况，那么就应该鼓励性别焦虑者进行变性手术。当然，手术前必须先处理好其他可能存在的心理疾病，确保手术意愿真实可靠。再强调一次，“跨性别者”必须是清醒状态下不适应自己先天性别的人，受其他疾病如精神分裂症影响而“相信自己是另一性别”的不算，还有人因为审美或者健康原因接受阉割，也并非真正的跨性别者。
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